원문 캡처 · github.com
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BioEmu2는 Microsoft Research AI for Science가 개발한 생체분자 에뮬레이터다. 단백질과 핵산, 리간드 등을 대상으로 접힌 구조 예측, 평형 구조 샘플링, 시간에 따른 구조 전파를 지원한다. GitHub 저장소

리눅스와 NVIDIA GPU가 필요하며 macOS와 Windows는 지원하지 않는다. Python 3.12~3.14를 사용할 수 있지만, 벤치마크 지표는 Python 3.12에서만 평가했다. Python 3.13과 3.14는 테스트를 통과했으나 벤치마크 지표는 평가하지 않았다.

GPU 연산 능력(compute capability) 7.5 이상에서는 cuda 추가 기능을 설치한다. 7.0인 GPU는 CUDA 12 설치가 필요하며, 7.0 미만은 지원하지 않는다. context-parallel 샘플링에는 GPU가 최소 4개 필요하다. 제작진은 V100, T4, A100, RTX A6000, B200에서 테스트했으며, 그 밖의 지원 대상 GPU는 전체 과정을 검증하지 않았다고 밝혔다.

저장소 루트에서 가상 환경을 활성화한 뒤 GPU에 맞는 설치 명령을 실행한다.

bash
python -m pip install ".[cuda]"

GPU 연산 능력이 7.0인 경우에는 다음 명령을 사용한다.

bash
python -m pip install ".[cuda12]" \
 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu126

명령줄 인터페이스에서는 PDB 항목을 지정해 평형 구조를 샘플링하거나 접힌 구조를 예측하고, 샘플을 시간에 따라 전파할 수 있다. Python API도 제공한다. 샘플링을 원하는 구조 특성 쪽으로 유도하는 기능과 여러 GPU에 구조를 분산하는 context parallelism도 포함한다.

bash
bioemu2 sample-equilibrium \
 --pdb-id 1AKE \
 --out outputs/adk

자세한 설치·사용법과 튜토리얼은 저장소 문서에서 확인할 수 있다. BioEmu2는 MIT 라이선스로 배포된다.