TL;DR

  • BioTool은 생명과학 연구에서 자주 쓰이는 웹사이트와 도구를 연구 과정에 따라 분류한 디렉터리로, 13개 분야와 419개 리소스를 포괄함.
  • 문헌 검색, 데이터 탐색, 실험 설계, 결과 분석에 이르는 연구 전 과정을 다룸.
  • 문헌·지식, 실험 설계·계산, 실험 방법·재료, 유전자·서열 등 분야별로 도구를 찾아볼 수 있음.
  • PubMed, Primer-BLAST, GEO, UniProt, KEGG, Fiji, Galaxy 등 데이터베이스와 온라인 도구, 데스크톱 소프트웨어를 포함함.
  • 연구 기록과 협업 분야에는 Benchling, eLabFTW, LabArchives, OSF가 포함됨.

학술지 논문

  • 248개 리소스
  • Cell — 생명과학의 중요한 발견과 기전 연구를 다루는 종합 과학·생명과학 학술지.
  • Science — 종합 과학 연구와 학제 간 진전을 다루는 종합 과학·생명과학 학술지.
  • Nature — 종합 과학 및 첨단 발견을 다루는 종합 과학·생명과학 학술지.
  • PNAS — 자연과학, 생명과학 및 학제 간 연구를 다루는 종합 과학·생명과학 학술지.

문헌과 지식

  • 12개 리소스
  • PubMed — 생의학 문헌 검색; 문헌 검색 데이터베이스.
  • Europe PMC — 생명과학 문헌 및 오픈 액세스 전문 검색; 문헌 검색 데이터베이스.
  • bioRxiv — 생명과학 사전 공개 논문 검색; 동료 심사를 거친 논문과 동일하지 않은 사전 공개 논문 플랫폼.
  • Zotero — 문헌 수집, 관리 및 인용; 문헌 관리 데스크톱 소프트웨어.

실험 설계와 계산

  • 12개 리소스
  • Primer-BLAST — 프라이머 설계 및 특이성 확인; 프라이머 설계 온라인 도구.
  • Primer3Plus — PCR 프라이머 설계; 프라이머 설계 온라인 도구.
  • IDT OligoAnalyzer — 올리고뉴클레오타이드의 용융 온도, 헤어핀 및 이량체 분석; 프라이머 설계 온라인 도구.
  • NEBuilder — DNA 절편 조립 설계; 클로닝 및 편집 온라인 도구.

실험 방법과 재료

  • 11개 리소스
  • protocols.io — 실험 프로토콜 검색, 작성 및 공유; 프로토콜 플랫폼.
  • Bio-protocol — 실험 절차 및 방법 검색; 프로토콜 플랫폼.
  • JoVE — 실험 방법 동영상 및 작업 시연; 프로토콜 동영상 플랫폼.
  • Addgene — 플라스미드 정보, 지도 및 관련 실험 리소스 검색; 재료 리소스 데이터베이스.

유전자와 서열

  • 19개 리소스
  • NCBI Gene — 유전자 기본 정보 및 연관 리소스 조회; 유전자·유전체 데이터베이스.
  • Ensembl — 유전체 주석, 변이 및 비교 유전체 조회; 유전자·유전체 데이터베이스·브라우저.
  • UCSC Genome Browser — 유전체 좌표 및 주석 트랙 탐색; 유전체 브라우저.
  • GeneCards — 인간 유전자 종합 정보 조회; 유전자·유전체 데이터베이스.

오믹스 데이터와 분석

  • 31개 리소스
  • GEO — 유전자 발현 및 기능 유전체 데이터 검색; 전사체 데이터베이스.
  • Expression Atlas — 다양한 조직, 조건 및 종의 유전자 발현 조회; 전사체 데이터베이스.
  • GTEx — 인간 조직의 유전자 발현 및 유전적 조절 연관성 조회; 전사체 데이터베이스.
  • CELLxGENE — 단일 세포 데이터 검색, 탐색 및 다운로드; 단일 세포 데이터베이스·온라인 도구.

단백질과 구조

  • 14개 리소스
  • UniProt — 단백질 서열, 기능 및 주석 조회; 단백질 정보 데이터베이스.
  • InterPro — 단백질 패밀리, 도메인 및 기능 부위 분석; 단백질 정보 데이터베이스·온라인 도구.
  • Human Protein Atlas — 인간 단백질의 발현, 조직 및 세포 내 위치 조회; 단백질 정보 데이터베이스.
  • RCSB PDB — 생체 고분자 3차원 구조 검색 및 탐색; 구조 검색·예측 데이터베이스·브라우저.

경로와 기전

  • 13개 리소스
  • KEGG — 생물학적 경로 및 기능 주석 조회; 경로·네트워크 데이터베이스.
  • Reactome — 생물학적 경로 탐색 및 분석; 경로·네트워크 데이터베이스·온라인 도구.
  • STRING — 단백질 기능 연관 네트워크 조회 및 분석; 경로·네트워크 데이터베이스·온라인 도구.
  • Metascape — 유전자 목록의 기능 풍부도 및 네트워크 분석; 기능 풍부도 온라인 도구.

질병과 약물

  • 16개 리소스
  • ClinVar — 유전 변이 및 임상적 의미에 관한 근거 조회; 변이·질병 데이터베이스.
  • gnomAD — 인구 집단의 유전 변이 빈도 조회; 변이·질병 데이터베이스.
  • cBioPortal — 암 유전체 데이터 탐색 및 시각화; 변이·질병 데이터 분석 플랫폼.
  • Open Targets — 표적과 질병의 연관 근거 조회; 표적·화합물 데이터베이스·분석 플랫폼.

종과 진화

  • 16개 리소스
  • GBIF — 종 분포 및 생물다양성 데이터 검색; 종·모델 생물 데이터베이스.
  • TAIR — 애기장대 유전체 및 유전 정보 조회; 종·모델 생물 데이터베이스.
  • FlyBase — 초파리 유전자 및 유전 리소스 조회; 종·모델 생물 데이터베이스.
  • Alliance of Genome Resources — 선충 리소스를 포함한 모델 생물 통합 데이터; 종·모델 생물 데이터베이스.

이미지, 통계와 그래프

  • 12개 리소스
  • Fiji — 현미경 이미지 처리 및 플러그인 분석; 이미지 분석 데스크톱 소프트웨어.
  • QuPath — 디지털 병리 및 조직 이미지 분석; 이미지 분석 데스크톱 소프트웨어.
  • CellProfiler — 세포 이미지 일괄 처리 및 정량 분석; 이미지 분석 데스크톱 소프트웨어.
  • napari — 다차원 생물 이미지 보기 및 대화형 분석; 이미지 분석 데스크톱 소프트웨어·Python 분석 플랫폼.

분석 플랫폼과 워크플로

  • 8개 리소스
  • Galaxy — 웹에서 도구를 조합하고 분석 워크플로를 실행; 온라인 분석 플랫폼.
  • Bioconductor — 생물정보학 R 패키지 및 사용 문서; 소프트웨어 패키지·워크플로 패키지 디렉터리.
  • nf-core — 재사용 가능한 생물정보학 분석 워크플로; 패키지·워크플로 모음, 배포 필요.
  • Nextflow — 로컬, 클러스터 및 클라우드 컴퓨팅 워크플로 편성; 워크플로 엔진.

연구 기록과 협업

  • 7개 리소스
  • Benchling — 전자 실험 노트 및 연구개발 데이터 관리; 전자 실험 노트 온라인 플랫폼.
  • eLabFTW — 오픈 소스 전자 실험 노트 및 실험 리소스 관리; 전자 실험 노트 배포형 소프트웨어.
  • LabArchives — 전자 실험 노트 및 팀 협업; 전자 실험 노트 온라인 플랫폼.
  • OSF — 프로젝트 관리, 자료 공유 및 연구 사전 등록; 오픈 사이언스 협업 플랫폼.